MPI版LAMMPSをWindows 7 64bitへインストール

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概要

Windows 7 (64bit)環境で、MPI版LAMMPSを使う環境を整える。

LAMMPS

cd C:\Program Files\MPICH2\bin
smpd.exe -install

「環境変数の設定」から、環境変数"Path"に、LAMMPSとMPICH2の実行ファイルのパスを追加する。

Cygwin

  • moltemplateとPackmolを使うためにCygwin環境を使う。
  • パッケージ選択でpython2,python-pip, gcc-fortranとmakeを入れる。

Moltemplate

Moltemplateは力場の割り当てに使う。 先にインストールしたcygwin用のpythonのpipでインストールする。

pip2.7 install moltemplate

Packmol

  • Packmolはシミュレーションボックスに分子を詰めるために使うツール。
  • ここからダウンロード。
  • 公式のユーザガイドを参考に、Cygwin上でインストールする。
  • packmolの実行ファイルのパスを環境変数PATHに追加する。

VMD

  • VMDは計算結果を可視化したり、ポストプロセッシングを行なうために使う。
  • ダウンロードページから、Versin 1.9.3の'Windows OpenGL'をダウンロードしてインストール。
  • インストール後、環境変数PATHに以下のパスを加える
C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD

MPICHの実行

Linuxでのmpirunとは異なり、mpiexecで次のような書式で実行する

mpiexec -n 4 lmp_mpi -i run.in.nvt

ユーザー名とパスワードを聞かれるので、ユーザー名は何も入力せずエンターで、パスワードはユーザーのログインパスワードを入力する。